Rakudai Kenja no Gakuin Musou: Nidome no Tensei, S-Rank Cheat Majutsushi Boukenroku adalah anime fantasy academy yang berpusat pada Ephtal, seorang penyihir bijak yang pernah hidup demi mengejar puncak ilmu sihir. Sayangnya, kehidupan pertamanya berakhir dengan penyesalan karena ia merasa tak mampu melampaui batas bakatnya sendiri. Setelah 400 tahun berlalu, Ephtal kembali terlahir ke dunia baru dengan membawa ingatan, pengetahuan, dan kemampuan sihir dari masa lalunya.
Namun, dunia tempat ia bereinkarnasi ternyata tidak seperti yang ia bayangkan. Peradaban sihir telah menurun drastis, sehingga sihir yang bagi Ephtal merupakan ilmu biasa justru dianggap sebagai kekuatan luar biasa oleh orang-orang pada era tersebut. Dari sinilah kisahnya bergerak menjadi fantasi akademi tentang seorang sage gagal yang kini memiliki kesempatan kedua untuk mengejar puncak sihir.
Dalam perjalanannya, Ephtal bertemu Anastasia, seorang gadis budak yang kemudian ikut bersamanya menuju ujian masuk akademi sihir. Akan tetapi, jalan mereka tidak mudah karena sosok Merlin, kepala akademi ternama sekaligus penyihir elite dari ras iblis, muncul sebagai penghalang. Menariknya, Merlin bukan orang asing bagi Ephtal, melainkan mantan murid yang masih menyimpan perasaan terhadap gurunya setelah 400 tahun berlalu.
